Durante este periodo, las resoluciones del Tribunal sobre las elecciones distritales y municipales, tenían el carácter de definitivas e inatacables, con la salvedad de que en la elección a gobernador, el Tribunal sólo emitía opiniones o recomendaciones, las cuales eran calificadas en definitiva por el Congreso del Estado. Con las reformas y adiciones a la Constitución local de octubre de 1993, se redujo a 3 el número de Magistrados Propietarios del Tribunal Estatal Electoral.

Asimismo, para la celeridad que impone la resolución de los conflictos postelectorales, se estableció que los procedimientos para substanciar los medios de impugnación se resuelvan en única instancia. A partir de las reformas a la Constitución de octubre de 2004, el Tribunal cambia su denominación y adquiere nuevas facultades jurisdiccionales en materia de Acceso a la Información Pública.

Se modifica su denominación y competencia, estableciendo un Tribunal Estatal Electoral y de Transparencia Informativa, que será, como lo es ahora, un órgano autónomo, con personalidad jurídica y patrimonio propios, para que se constituya como la máxima autoridad jurisdiccional en materia electoral, de procesos de participación ciudadana y de acceso a la información pública.

De acuerdo con las reformas y adiciones a la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Sonora, aprobadas mediante decreto de fecha 14 de diciembre de 2010, publicado en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado de Sonora, número 49, sección V de fecha 16 de diciembre de 2010, que entró en vigor el 01 de enero de 2011, que reforma entre otros, el artículo 22, relativo a este Tribunal, se modificó su competencia y su denominación para que, a partir de esa última fecha, el Tribunal Estatal Electoral, sea la máxima autoridad jurisdiccional en Materia Electoral y de Procesos de Participación Ciudadana.